mysql4.1은 4.0에 비하여 user, db 테이블의 컬럼에 collate utf8_bin, character set utf8 옵션등이 추가가 되었다.
따라서 그냥  데이타베이스 디렉토리를 옮기고 실행할 수가 없다. 실행하면 character sete에 관련된 오류가 발생하고 바로 mysql이 죽는다.

# 오류 내용
060626 10:32:07 [Warning] './mysql/host' had no or invalid character set, and default character set is multi-byte, so character column sizes may have changed
060626 10:32:07 [Warning] './mysql/user' had no or invalid character set, and default character set is multi-byte, so character column sizes may have changed
060626 10:32:07 [Warning] './mysql/db' had no or invalid character set, and default character set is multi-byte, so character column sizes may have changed
060626 10:32:07 [ERROR] Fatal error: mysql.user table is damaged or in unsupported 3.20 format.
060626 10:32:07  mysqld ended

그리고 user의 password 컬럼의 사이즈도 기존 16에서 41로 늘어났다.
이로 인해 /etc/my.cnf에
[mysqld]
set-variable    = old_password=1
위의 변수를 설정해줘야 한다.

따라서 디비마다 덤프를 받아서 import를 시켜줘야 한다. 작업 순서는 아래와 같다.

1. 기존 운영중인 4.0.x 의 mysql 데이타베이스를 덤프 받는다.
# mysqldump -uroot -p mysql > mysql.sql
다음으로 mysql.sql파일을 열어서 user, db 테이블만 나누고 모든 라인을 삭제한다. 그리고 user, db 테이블 생성하는 것 구문도 없앤다. 마지막으로 남는 것은 user, db에 관련된 insert문만 남을 것이다. user의 insert문중 user컬럼중 root에 관련된 라인도 삭제한다. 이미 등록이 되어 있으므로...

2. mysql4.0.x의 전체 데이타베이스를 덤프를 받는다.
# mysqldump -uroot -pmysql --all-databases > database.dmp

파일을 열어서 mysql 및 test 데이타베이스와 관련된 테이블 생성 및 insert구문은 삭제한다. 이미 생성되어 있으므로..

3. mysql.dmp의 가장 상단에는
set foreign_key_checks=0;
하단에는
set foreign_key_checks=1;
옵션을 넣어준다. 이유는 이것을 하지 않을 경우 foreign key constraints옵션이 있는 테이블을 생성할 경우  foreign key를 체크하기때문에 foregin key 를 참조하는 테이블이 없으면 오류가 발생하고 중단된다.
따라서 이 옵션은 foreign key를 체크하지 않겠다는 것이다. 마지막은 원래대로 돌려놓는 것이다.

4. 기존 mysql4.0으로 운영중인것을 중지하고 mysql4.1대로 가동한다.
(참고 : /etc/my.cnf에서 default-character-set=euc_kr인것을  euckr로 변경해준다.)

5. 위의 mysql.sql, database.dmp를 각각 import시킨다.

6. 그리고 홈페이지에서 디비 접속이 제대로 되고 있는지 확인한다.

마지막으로 innodb는 mysqldump에 모두 들어가 있으므로 혹시라도 ibdata관련 파일을 복사하지 않도록 한다.